牡丹的芽外由6～8枚鳞片所包，所以牡丹芽又称“鳞芽”。牡丹以鳞芽越冬。牡丹的芽按功能和分化程度分为花芽、叶芽、潜伏芽和不定芽四种。

花芽

牡丹的花芽为混合芽，能抽枝、长叶、开花。着生在枝条顶端的称为“顶生花芽”，开过一次花的枝条，花茎便自行干枯回缩一段。着生在干枯花茎下部的叶腋间的花芽称为“腋生花芽”或“侧生花芽”。花芽一般都比较肥大饱满，剥除鳞片，可见“花胎”(即鳞芽内部的幼小花蕾)。

叶芽

叶芽只抽枝长叶，多数着生在花芽下部的叶腋间，也有着生在枝条顶端的，较花芽瘦小，萌发后发育成枝条。

潜伏芽

潜伏芽着生在新枝的最下部，形状瘪小，如粟粒，俗称“狗鳖”。平时不萌发，在花芽、叶芽或枝条受伤后才能萌发，其寿命较长，可维持10～15年之久。

不定芽

着生在根茎处的芽叫做“不定芽”。出土后抽生为萌蘖枝，俗称“土芽”。不定芽萌发力特强，是接穗、更新老枝(股)和增加新股的主要来源。不定芽当年不开花，生长旺盛者，在顶部当年可发育分化形成花芽，翌年开花。

牡丹芽入冬后进入深休眠状态，并需达到一定的低温期和低温值（需冷量）时，才能解除休眠，恢复正常的生理功能。不同品种、同一植株上不同部位的芽体，打破休眠所需的低温期和低温值不同。如早花品种比晚花品种解除休眠早，顶花芽较腋花芽解除休眠早。花芽一经解除休眠，即便仍处于O～3℃的低温环境中，也会萌发生长。

低温处理是解决牡丹深休眠的根本措施。一般0～5℃条件下，历经30～50天即可完成，具体要求因品种而异。外源激素（如GA3,～mg/L），对解除休眠有一定的辅助作用。晾根处理所形成的环境胁迫，对解除休眠也有良好效果，甚至优于GA3处理。芽的萌发和种子萌发的机理和过程基本相同，只不过是萌发初期永分和养分来源不同。

处于同一枝条上不同部位的芽，存在着大小、饱满程度的差异。这种差异常与顶端（芽）优势有关。一般处于枝条先端的芽能抽枝开花，如果去掉顶（位）芽或上部芽，即可促进其下部腋（花）芽和潜伏芽的萌发。这种顶部分生组织对其下部芽萌发的抑制作用，即为“顶端优势”。顶芽生长势最强，与其中生长素、赤霉素的积聚有关。顶端优势强弱与品种特性有关（如‘百花妒’、‘璎珞宝珠’强，而‘湖蓝’较弱），并影响其萌芽力与成枝力。顶芽对侧芽的抑制作用存在于整个生长期内。

牡丹芽需经一定低温期以解除休眠，在自然状态下，需第二年春天才能萌发，应属晚熟性芽。但部分品种开花后，腋芽分化速度较快，部分芽迅速完成花芽分化，在合适的条件下，当年又能抽生二次枝而开花，这类芽应属早熟性芽。中原品种中易于秋季二次开花的品种如‘藏枝红’、‘桃李争艳’、‘脂红’‘海棠霞灿’等即是。

母枝上芽的萌发能力称萌芽力，其中花芽抽生花枝的能力又叫成枝力。牡丹不同品种间表现出明显差异。中原品种中有以下三种情况：第一类如‘首案红’，花枝上部3～4个（花）芽可萌发成枝而开花，下部芽不萌发；第二类如‘豆绿’，花枝上部2芽萌发成枝，下部芽不萌发。类似品种还有‘鲁粉’、‘紫瑶台’等；第三类如‘赵粉’、‘墨魁’、‘百花妒’、‘璎珞宝珠’等，每一枝上只有最上部的一个（花）芽能萌发成枝而开花。