牡丹品种起源应当包括早期品种的起源以及栽培品种群的形成这样两个方面。

根据对牡丹栽培历史的考证，牡丹品种形成于唐代中晚期。五代，后唐洛阳临芳殿所植牡丹已有具体名称。到北宋，中原品种群在洛阳初具规模。由于中国野生牡丹分布广泛，各产区直接从山区引种作驯化栽培，于是有早期原始品种的产生。据唐宋文献记载，这类起源地有汾州（今山西汾阳、文水一带），丹州、延州、陇州（今陕西宜川、延安、陇县一带），青州（今山东青州一带），会稽（今浙江绍兴一带），滁州、和州（今安徽滁州、和县一带），秦州（今天甘肃云水一带）以及河南洛阳等。

品种系列（群）的形成首先始于河南洛阳，应在北宋时期。其次是吴中（今江苏南部苏州）及杭州一带，也始于北宋。至于四川天彭（今彭州市），这一带品种群形成应始于南宋。甘肃中部也是品种起源中心之一，不过这一带大量品种的形成已是明清时期的事情了。

参与中国牡丹栽培品种（群）形成的祖先种主耍有革质花盘亚组中的矮牡丹、紫斑牡丹和杨山牡丹。卯叶牡丹影响不大，四川牡丹目前还没有发现对栽培牡丹的种质渗入。肉质花盘亚组的种类没有参与现有中国栽培品种的形成，但在欧美育种中得到了应用。

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