崂山太清宫借住着一位姓黄的书生，这书生颇有文采却志不在官，就喜欢游山玩水、养花弄草。这不，在太清宫借住了一年，园子里的花草都被他照料的生机勃勃，就连那株极少开花的千年牡丹都绽放了，远远望去，宛如一团锦绣。

一天晚上，黄生正在书斋中读书，偶然抬头向窗外一望，只见一个白衣女子的身影在花丛中若隐若现。他不由好奇，这道士修炼之地哪来的女子呢？等他急忙出门，那女子已经不见了。此后，他又数次看到女子的身影，每次走近，那女子就消失了。这简直挠的他心痒痒，索性蹲在草丛中，打算来个守株待兔。果然，没一会儿，那女子就出现了。而除了这个白衣女子，竟还有一位红衣女子，两位美人都生的光彩照人，红白相映，堪称艳丽双绝。

红衣女子闻到了生人的气息，正打算离去，黄生忍不住扑了出来，没成想直接将两位佳人吓跑了。

黄生对佳人朝思暮想，不由得吟诗表达自己的爱慕之情。夜半时分，白衣女子再次出现，这次竟直接来到了黄生屋里。女子自称香玉，跟义姐绛雪暂住在此处。佳人突至，黄生心猿意马。殊不知，香玉就是院中那株牡丹，因被黄生悉心照料，早就对他芳心暗许。两人越聊越亲密，当夜，香玉就留了下来。

两人一连欢好了数日，然而有一天，香玉却没有出现，反而是那位红衣女子绛雪来了。她一来就质问黄生为何要欺骗香玉，他明明已有妻室了啊。黄生这才明白，原来白天老仆来找自己时被她们看到了。说起这事，黄生不由得心酸。他自小就颇有才华，谁知却被御史公看上，强行将女儿嫁给了他。可是没有感情的夫妻哪能长久呢，两人三天两头吵架，黄生受不了，这才跑了出来。

躲在窗外的香玉不由得心生怜悯，再也忍不住跑了进来，两人抱在了一起。管什么世俗伦理呢，她跟黄生是真心相爱的。经此一事，两人更加亲密，黄生也过起了从未有过的快活日子。

然而好景不长，御史公不忍自己的女儿守活寡，索性来到了太清宫，打算将黄生带回去。谁知黄生早早听到了风声，出门躲避去了。御史公气愤之际，突然看到院内那株牡丹开的极艳，顺手将其挖走了。黄生回来一看，心神俱裂，连忙去追。黄生追了许久，沿途只看到洒落的无数花瓣，牡丹花那么娇贵，看这样子哪里还活的成呢？

黄生将捡回的花瓣埋在了院子里，对着它日日哀悼。绛雪有时也会陪着他一起哭泣，那与自己感情深厚的义妹，就这么神魂俱散了。很快，黄生的凡人之躯就承受不住这巨大的悲痛，一下子病倒了。绛雪心急如焚，其实，她也早已喜欢上了黄生。只是他与香玉情投意合，自己就只能做个知己了。

绛雪祈求百花神，让香玉复活。但生死自有定数，花神哪里会插手呢。见花神无动于衷，绛雪索性将香玉与黄生的故事说了出来，他们二人的真情可是世间少有啊。花神终于被打动，但事实是不是真像绛雪说的那样，她得前去考验一番。

花神进入了黄生的梦中，这书生果然痴情。但光靠嘴巴说说可不行，花神告诉黄生，要想香玉复活，他就要每天取来龙潭水浇灌，还要到高山取来仙土培根，再到后山采摘白莲药草。看似简单，但花神却在其中设置了重重阻碍，稍有不慎，就功亏一篑。

果然，黄生去取水的时候遇到了几位绝色女子，而这些女子居然还随便他挑。黄生断然拒绝，他早已心有所属了。黄生走后，花神显露真身，这不过都是她设置的障眼法而已。之后的探险中，黄生放弃了金钱、地位，而为了采摘白莲药草，甚至甘愿让自己短命。花神终于被打动，而黄生也顺利通关。很快，埋葬花瓣的地方就抽出了嫩芽。

然而这只是万里长征的第一步，黄生每天都要重复这些复杂的步骤，还要比以前更加精心的呵护幼苗。他的身体每况愈下，好在绛雪一直陪伴在他的身边。几年过去了，在黄生的精心照料下，牡丹已长到一米高了。这天，它终于开出了第一朵花，一个小小的美人儿从花蕊中冒了出来，香玉回来了！

三人终于团聚，而就在香玉和绛雪打闹间，黄生忍不住吐出了鲜血。采摘药草本就会折损寿命，而且每天都如此劳累，现在他再也撑不住了。香玉十分难过，但黄生却很开心，自己死后要是能到花的世界，那就能跟她们永远在一起了。

临死前，黄生请求道士将自己葬在园子附近。“如果来日在牡丹花旁长出新芽，又是五叶的，那就是我”，黄生死后不久，牡丹花旁果然长出了一株五叶嫩芽，看来他们又能在一起了。

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本片改编自聊斋志异《香玉》一章，原著中的黄生可不是这么专情，要不是妖怪更漂亮，恐怕他早已经回家陪老婆了，在香玉神魂俱散期间，他整日与绛雪卿卿我我，好好享用着备胎。另外，在本片中，黄生死后与花仙子相守也算是大团圆结局，而原著就惨多了。他化身的嫩芽被一个小道士砍掉，很快就死了，牡丹花和耐冬树也殉情而死，相比这家伙的朝三暮四，植物们可是忠贞多了。